Starsze planowanie w pierwszej budowie kościoła zostało wstrzymane, nie wykonane z powodu kształtu wieży. W zachodnim szczycie widzimy wmurowane przypory, spojone z fugą budowlaną wskazującą na to, że wieża przedstawia pierwszy samodzielny odcinek budowy. Również na wieży powyżej pierwszej blendy ostrołuku przebiega pozioma fuga budowlana, która wskazuje na zakończenie pierwszego odcinka planowania. Budowa musiała postępować od zachodu ku wschodowi.
To twierdzenie popiera wiadomość Frobena o podjętej w roku 1405 budowie wieży. Mamy z tych czasów następujący zapis: "Budowa wieży kościelnej u św. św. Piotra i Pawła została w tym roku rozpoczęta." W rocznikach jest to w ogóle pierwsza notatka o budowie kościoła. Inne przekazane nam wiadomości, jak Zimmermanna i Libiecka określają rozpoczęcie budowy kościoła na rok 1401, ale że tych wiadomości nie ma w rocznikach, które uchodzą za najpewniejsze źródło najdawniejszych wydarzeń, przeto przyjmujemy rok 1405 jako rok rozpoczęcia budowy kościoła w Namysłowie, a zakończenie jego budowy - 1441 rok.
Pożar miasta w roku 1483 objął też kościół parafialny i szkołę. W dwa lata później został kościół odbudowany o tyle, aby się mogły odprawiać nabożeństwa. W międzyczasie budowano kościół dalej. W roku 1493 odbyło się poświęcenie nowo odbudowanej części kościoła. W roku 1499 wzniesiono nowy ołtarz pod wezwaniem 11000 dziewic. Przy zakończeniu tej nowej budowy mogły powstać cztery boczne południowe kaplice.
Reformacja weszła do Namysłowa w roku 1525, zajęła kościół katolicki i trzymała go w swoich rękach aż do roku 1654. Za czasów ewangelickich wybudowano w roku 1526 zakrystię i chór. Już po zwrocie kościoła katolikom w roku 1556 został kościół oczyszczony i wybielony.
W roku 1570 zdjęto z wieży kopułę, gdyż chwiała się na wietrze.