Pozostał tylko jeden ołtarz przedstawiający Wniebowzięcie NMP. Od 1671 roku franciszkanie rozpoczęli prace budowlane. Od 18 października 1675 roku świątynia nosiła nowe wezwanie św. Piotra z Alkantary. W tym dniu ponownie kościół został konsekrowany. Wnętrze kościoła przebudowano, nadając mu kształt barokowy. W 1681 roku dobudowano wieżyczkę na dachu prezbiterium. W 1810 roku, w wyniku upaństwowienia majątków klasztornych, kościół został zamknięty. Ostatnie nabożeństwo odprawiono 2 maja1812 roku. Świątynię zamieniono na magazyn wojskowy. Trzynaście lat później zakupiły go władze miejskie, zamieniając świątynię na spichlerz. Zamurowano wówczas część okien. Wyposażenie sprzedano lub przekazano do innych kościołów.
Do Bogacicy trafił ołtarz Czternastu Wspomożycieli. Marmurowa posadzka została zerwana i w 1814 przekazana kościołowi ewangelickiemu. W 1905 roku odnowiono wieżyczkę, a w latach 1924-1925 wyremontowano dach. Po II wojnie światowej kościół nadal służył jako magazyn, przechowywano tu m.in. części samochodowe, nawozy i beczki na piwo. 18 sierpnia 1982 roku na prośbę proboszcza parafii św. Apostołów Piotra i Pawła w Namysłowie, Ministerstwo Kultury i Sztuki przekazało jej na wieczyste użytkowanie zabytkowy kościół. Od tego momentu rozpoczęły się prace remontowe. 11 listopada 1988 roku, w 70 Rocznicę Odzyskania Niepodległości, przystosowany do sprawowania liturgii kościół, uroczyście poświęcił arcybiskup metropolita wrocławski, ksiądz kardynał Henryk Gulbinowicz. W latach 1990-1992 wybudowano zakrystię.
Źródło: Wikipedia